JYUnity

Tutkijatohtori, solubiologi Tiina Jokela tutkii uudelta kantilta periytyvää Lynchin oireyhtymää, joka lisää kantajansa riskiä useille eri syöville. Jokelan tutkimuskohteena ovat veressä olevat solujen mikro-RNA-molekyylit. Tavoitteena on luoda koneoppimisen avulla riskiprofiileja, jotka kertovat, onko henkilöllä kohonnut riski sairastua syöpään.

Tutkijatohtori Tiina Jokela on päätynyt Jyväskylän yliopiston liikuntatieteelliseen tiedekuntaan tutkijaksi hiukan harvinaisempaa reittiä. Jokela on biokemian maisteri Kuopion yliopistosta ja väitellyt tohtoriksi Itä-Suomen yliopistosta vuonna 2011 solubiologian puolelta. Väitöskirjan jälkeen Jokela teki tutkimusta ulkomailla Norjassa ja Yhdysvalloissa. Post doc -kaudella tutkimus keskittyi syöpä- ja erityisesti rintasyöpätutkimukseen, joka lopulta toi hänet Jyväskylään.

– Rintasyövän suurin riskitekijä on ikääntyminen, ja siksi tutkimme mitä kudokselle tapahtuu vanhetessa, Jokela kertoo.

Ikääntymistä ja sen vaikutuksia tutkitaan liikuntatieteellisen tiedekunnan ja Tampereen yliopiston Gerontologian tutkimuslaitoksessa.

– Akatemiatutkija Eija Laakkosen tutkimus ja tutkimusaineisto menopaussista kiinnitti huomioni, ja otin häneen yhteyttä. Laakkonen ehdotti Lynchin syndroomaan liittyvään syöpätutkimusprojektiin osallistumista, ja haimme Marie Curie -rahoitusta tutkimukseni rahoittamiseen, Jokela kertoo kiinnittymisestä tiedekuntaan.

Myönteinen päätös rahoituksesta tuli maaliskuussa, ja Jokela on nyt aloittanut tutkimusryhmään ja -aineistoon tutustumisen.

Tutkijatohtori Tiina Jokela tekee syöpätutkimusta.

– Nyt rahoituksen saaneessa projektissa keskitytään periytyvää Lynchin syndrooma -nimistä syöpäalttiutta sairastavien henkilöiden verinäytteiden tutkimiseen. Näytteistä etsitään syövän kehittymisestä kertovia RNA-molekyylejä, Laakkonen kertoo.

Lynchin syndrooma on periytyvä syöpäalttiusoireyhtymä, joka lisää useiden eri syöpien riskiä. Valtaosa sairastuu yhteen tai useampaan syöpään elämänsä aikana.

– Lynch-populaatio on erityinen mutta hyvä malli tutkia syövän esiintymistä. Samat kudostason taustamekanismit vaikuttavat myös valtaväestöllä syövän kehittymiseen. Toisaalta liikunta ja elämäntavat voivat vähentää syöpäriskiä, Jokela sanoo.

Lynchin syndrooma -rekisteri mahdollistaa kattavan biomarkkeri-tutkimuksen

Jokelan tutkimus keskittyy solujen mikro-RNA-molekyylien tutkimiseen. Verenkierron mikro-RNA-profiilin tutkimiseen riittää nestebiopsia eli tavallinen verinäyte. Profiilia voidaan käyttää syövän ennustamiseen. Mikro-RNA-profilointia ei ole aiemmin tehty Lynchin syndrooman tutkimuksessa.

Tutkimuksessa tehdään yhteistyötä dosentti Toni Seppälän (Helsingin yliopistollinen sairaala ja Suomen molekyylilääketieteen instituutti FIMM) ja professori Jukka-Pekka Mecklinin (Keski-Suomen sairaanhoitopiiri) kanssa. Mecklin on alan pioneereja ja Lynchin syndrooma -rekisterin perustaja. Hän toimii nykyisin myös Jyväskylän yliopistossa tutkimusjohtajana. Seppälän laboratoriossa FIMMissä tehdään potilaista eristettyjen solujen avulla organoidiviljelmiä, mikä mahdollistaa Jyväskylässä tunnistettavien mikro-RNA-profiilien ja niiden muutosten tutkimisen laboratoriossa.

– Yhteistyössä kerätty tutkimusmateriaali ja Lynchin syndrooma -rekisteri mahdollistavat tällaisen kattavan biomarkkeritutkimuksen. Samassa tutkimusprojektissa työskentelee myös väitöskirjatutkija Tero Sievänen, jonka tutkimuksessa selvitetään tarkemmin liikunnan yhteyttä syövän esiintymiseen, Jokela kertoo.

Suunniteltu tutkimus on malliesimerkki toimivasta yhteistyöstä. Laakkosen tutkimusryhmällä on liikunta- ja mikro-RNA-osaaminen, mikä  tuo lisäarvoa Seppälän ja Mecklinin hankkeille.

– Tutkimuksemme ei olisi mahdollinen ilman Lynchin syndrooma -rekisterin kautta tulevia tietoja ja Seppälän organisoimaa näytekeräystä. Lisäksi Seppälä tarjoaa Jokelalle mahdollisuuden tutkimusjaksoon omassa laboratoriossaan eli saamme myös organoidiviljelmäosaamisen käyttöömme, Laakkonen kuvaa yhteistyön tärkeyttä.

Riskiprofiilit esiin koneoppimisen avulla

Solubiologian tutkija kertoo seuraavaksi, miten solutason muutosten tutkiminen hyödyttää väestötasolla. Tutkimuksen tavoitteena on koneoppimismallien avulla luoda algoritmeja, jotka mahdollistaisivat syöpäalttiiden profiilien tunnistamisen.

– Koneoppimisessa käytetään hyväksi tietokoneiden isoa laskentatehoa. Ihmisaivojen kyky on rajallinen, mutta koneelle voimme syöttää satoja muuttujia, joista se louhii tiettyjä kaavoja. Koulutamme konetta tunnistamaan datasta malleja, joista se luo algoritmin. Algoritmin avulla kone tuottaa arvion henkilön riskistä sairastua syöpään, Jokela selventää.

Tulevaisuudessa olisi siis mahdollista verikokeiden ja esimerkiksi elämäntapakyselyn avulla ennustaa, onko henkilöllä kohonnut riski sairastua syöpään. Ihmistä voitaisiin ohjata terveellisempien elämäntapojen suuntaan ja seurata riskiprofiilin muuttumista.

Akatemiatutkija Eija Laakkosen tutkimus herätti Jokelan mielenkiinnon.

– Jokelan palkkaamisen myötä tiedekunnan syöpätutkimuslinja vahvistuu ja yhteistyö sairaanhoitopiirin tutkijoiden kanssa syvenee. Omaan tutkimusryhmääni Jokela tuo uutta menetelmäosaamista. Hänen vahva taustansa rintasyöpätutkimuksesta edesauttaa ikääntymisen ja elämäntapojen vaikutusten yhdistämistä myös muiden syöpätyyppien tutkimukseen, Laakkonen toteaa.

Mikä Marie Curie -rahoitus?

Euroopan Unionin myöntämä Marie Skłodowska-Curie -rahoitus tukee tutkijaliikkuvuutta. Rahoitusta myönnetään korkeatasoisille tutkijoille, jotka haluavat palata tekemään tutkimusta Eurooppaan, kehittää tutkimusosaamistaan Euroopan ulkopuolella tai siirtyä Euroopassa maasta toiseen. Rahoitus on erittäin kilpailtua, ja vain noin 12 % hakemuksista menee vuosittain läpi. Tänä vuonna Jyväskylän yliopiston liikuntatieteelliseen tiedekuntaan myönnettiin kahteen tutkimushankkeeseen MSCA-rahoitus. Molempiin hankkeisiin myönnettiin rahoitusta noin 200 000 euroa. Jokelan lisäksi italialainen Francesco Cenni sai rahoituksen CP-vammaisten nuorten hermolihasjärjestelmän säätelytekijöiden ja lihasjäykkyyden tutkimukseen.